Aunque ya en la zona existían dos equipos (Independiente y Pococí) no fue hasta que en la zona de Toro Amarillo se unificaron una serie de prospectos que encontraron apoyo en los comerciantes de la zona, los valores del futuro decidieron llamarse Santos de ese momento en adelante.
Durante décadas el club se mantuvo en la tercera categoría, no fue sino hasta que la figura de Cecilio Arias—expresidente de la entidad caribeña—dio patrocinio y apoyo dirigencial lo cual llevó al equipo rojiblanco a la segunda división aficionada. Las cosas cambiaron dramáticamente al entregársele de manera momentánea el club al Comité Cantonal de Guápiles, los colores pasaron de blanco y rojo a azul y blanco (colores del cantón).
El once santista contó con varias transformaciones a lo largo de los años y algunos de esos cambios tuvieron que ver con el nombre, primero fue AD Santos, posteriormente cambió a Santos FC, luego Pococí 2000 y finalmente volvió a ser AD Santos; lo anterior por cuanto se realizó el proyecto de que el equipo llegara a la segunda división en el año 2000, pero el Comité Cantonal no continúo y el Santos vuelve a manos de una junta directiva.
Tras un par de años en la liga de ascenso el Santos de Guápiles visó su pasaporte a la primera división en una reñida final ante Liberia en 1999. Con poco tiempo logró consolidarse como uno de los cuadros más regulares del país dando la sorpresa mayúscula el día del debut en agosto de 1999 cuando venció al entonces monarca Saprissa en el estadio morado 2x1.
En la temporada 2001-02 alcanza su mayor logro hasta ahora, el título de Apertura y el subcampeonato nacional al caer en la final ante la Liga Deportiva Alajuelense, por algunos certámenes más el Santos dio la pelea pero en los últimos tiempos ha sido presa de la inconsistencia y ha pasado de ser un equipo protagonista ha ser uno de media tabla.
Hoy en día el plantel caribeño busca retomar el buen fútbol y la sangre de campeón que hicieron que los cuadros más tradicionales de nuestro fútbol sufrieran al ir al estadio Ebal Rodríguez. El Santos retornó a la primera división en el Invierno 2009.
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